### R code from vignette source '02software.Rnw'
## Copyright (C) Adrian Baddeley, Ege Rubak and Rolf Turner

###################################################
### code chunk number 1: 02software.Rnw:9-10
###################################################
source("R/startup.R")


###################################################
### code chunk number 2: 02software.Rnw:184-185 (eval = FALSE)
###################################################
## 


###################################################
### code chunk number 3: 02software.Rnw:189-193 (eval = FALSE)
###################################################
## 1+1
## 3 * (10 + 5)
## 2:5
## sqrt(2)


###################################################
### code chunk number 4: 02software.Rnw:201-205
###################################################
1+1
3 * (10 + 5)
2:5
sqrt(2)


###################################################
### code chunk number 5: 02software.Rnw:209-210
###################################################
opa <- options(width=78)


###################################################
### code chunk number 6: 02software.Rnw:212-213
###################################################
(1:30)^2


###################################################
### code chunk number 7: 02software.Rnw:215-216
###################################################
options(opa)


###################################################
### code chunk number 8: 02software.Rnw:220-222
###################################################
x <- 17
x


###################################################
### code chunk number 9: 02software.Rnw:231-232
###################################################
options(continue="+")


###################################################
### code chunk number 10: 02software.Rnw:234-237
###################################################
folderol <- 1.2
sin(folderol * folderol * folderol  * folderol  * 
    folderol  * folderol * folderol  * folderol * folderol)


###################################################
### code chunk number 11: 02software.Rnw:239-240
###################################################
options(continue=" ")


###################################################
### code chunk number 12: 02software.Rnw:327-331
###################################################
x <- c(3.2, 1.5, 3.6, 9.2, 2.4)
x
y <- 1:5
y


###################################################
### code chunk number 13: 02software.Rnw:339-341
###################################################
x + 5
x/y


###################################################
### code chunk number 14: 02software.Rnw:345-347
###################################################
month.name
x > 3


###################################################
### code chunk number 15: 02software.Rnw:351-353
###################################################
x[2]
month.name[8]


###################################################
### code chunk number 16: 02software.Rnw:394-396
###################################################
b <- list(c("Tuesday", "Friday"), 3:7, c(FALSE,TRUE))
b


###################################################
### code chunk number 17: 02software.Rnw:412-414
###################################################
b[2]
b[[2]]


###################################################
### code chunk number 18: 02software.Rnw:423-426
###################################################
b <- list(Day="Tuesday", Number=3:7, Answers=c(FALSE,TRUE))
names(b)
b


###################################################
### code chunk number 19: 02software.Rnw:429-430
###################################################
names(b) <- c("Day", "Number", "Answers")


###################################################
### code chunk number 20: 02software.Rnw:434-436
###################################################
b[c("Day", "Answers")]
b[["Day"]]


###################################################
### code chunk number 21: 02software.Rnw:440-441
###################################################
b$Day


###################################################
### code chunk number 22: 02software.Rnw:459-462
###################################################
m <- matrix(1:12, nrow=3, ncol=4)
m
m[2,3]


###################################################
### code chunk number 23: 02software.Rnw:471-473
###################################################
m[2,]
m[,3]


###################################################
### code chunk number 24: 02software.Rnw:477-478
###################################################
m[5]


###################################################
### code chunk number 25: 02software.Rnw:481-482
###################################################
matrix(1:12, nrow=3, ncol=4, byrow=TRUE)


###################################################
### code chunk number 26: 02software.Rnw:487-490
###################################################
d <- data.frame(i=7:10, month=month.name[7:10], 
                has.r=((1:4) > 2))
d


###################################################
### code chunk number 27: 02software.Rnw:498-500
###################################################
colnames(d) <- c("month", "name", "has.r")
d


###################################################
### code chunk number 28: 02software.Rnw:503-505
###################################################
d[2,3]
d[,3]


###################################################
### code chunk number 29: 02software.Rnw:511-514
###################################################
d[[3]]
d[c("month","name")]
d$month


###################################################
### code chunk number 30: 02software.Rnw:553-556 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(sunspots)
## summary(sunspots)
## X <- sunspots


###################################################
### code chunk number 31: 02software.Rnw:561-562
###################################################
class(sunspots)


###################################################
### code chunk number 32: 02software.Rnw:597-598 (eval = FALSE)
###################################################
## methods(plot)


###################################################
### code chunk number 33: 02software.Rnw:602-603 (eval = FALSE)
###################################################
## methods(class="ts")


###################################################
### code chunk number 34: 02software.Rnw:623-625
###################################################
1+1
sin(pi/3)


###################################################
### code chunk number 35: 02software.Rnw:629-632
###################################################
fun <- function(){invisible(42)}
fun() 



###################################################
### code chunk number 36: 02software.Rnw:636-638
###################################################
x <- fun()
x


###################################################
### code chunk number 37: 02software.Rnw:641-642
###################################################
(fun()) 


###################################################
### code chunk number 38: 02software.Rnw:690-695
###################################################
col <- c("red", "green", "red", "blue", 
         "blue", "green", "red")
col
f <- factor(col)
f


###################################################
### code chunk number 39: 02software.Rnw:705-707
###################################################
is.factor(col)
is.factor(f)


###################################################
### code chunk number 40: 02software.Rnw:714-715
###################################################
factor(col, levels=c("red", "green", "blue"), labels=c("r","g","b"))


###################################################
### code chunk number 41: 02software.Rnw:732-734
###################################################
x <- c(1,7,4,10,2,14,15,4,9)
cut(x, c(0,5,10,15))


###################################################
### code chunk number 42: 02software.Rnw:752-753
###################################################
as.integer(f)


###################################################
### code chunk number 43: 02software.Rnw:756-757
###################################################
levels(f)


###################################################
### code chunk number 44: 02software.Rnw:776-783
###################################################
x <- factor(c("1.02","2.03","2.03",
              "1.02","3.04","1.02",
              "2.03","1.02","3.04","2.03"))
x
as.numeric(x)
as.numeric(as.character(x))
as.numeric(levels(x))[x]


###################################################
### code chunk number 45: 02software.Rnw:819-822
###################################################
a <- (y ~ x + z)
a
class(a)


###################################################
### code chunk number 46: PromptOff.Rnw:1-2
###################################################
options(prompt="  ")


###################################################
### code chunk number 47: 02software.Rnw:835-837 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(y ~ x)
## lm(y ~ x)


###################################################
### code chunk number 48: PromptOn.Rnw:1-2
###################################################
options(prompt="> ")


###################################################
### code chunk number 49: 02software.Rnw:865-866 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(stack.loss ~ Water.Temp, data=stackloss)


###################################################
### code chunk number 50: 02software.Rnw:873-874 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(weight ~ feed, data=chickwts)


###################################################
### code chunk number 51: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot(12, 0.95)
setmargins(0.5+c(3,3,0,1))


###################################################
### code chunk number 52: 02software.Rnw:884-886
###################################################
setmargins(3,4,0.2,1)
setpar(font.lab=1)


###################################################
### code chunk number 53: 02software.Rnw:890-894
###################################################
par(mfrow=c(1,2), pty="s")
plot(stack.loss ~ Water.Temp, data=stackloss)
plot(weight ~ feed, data=chickwts)
par(mfrow=c(1,1))


###################################################
### code chunk number 54: 02software.Rnw:905-906
###################################################
resetpar()


###################################################
### code chunk number 55: 02software.Rnw:919-920 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(stack.loss ~ Water.Temp + Air.Flow, data=stackloss)


###################################################
### code chunk number 56: 02software.Rnw:931-934 (eval = FALSE)
###################################################
## library(scatterplot3d)
## with(stackloss, 
##      scatterplot3d(stack.loss ~ Water.Temp + Air.Flow))


###################################################
### code chunk number 57: 02software.Rnw:941-944
###################################################
fut <- lm(stack.loss ~ Water.Temp, data=stackloss)
co <- coef(fut)
co <- round(co, 3)


###################################################
### code chunk number 58: 02software.Rnw:953-954 (eval = FALSE)
###################################################
## lm(stack.loss ~ Water.Temp, data=stackloss)


###################################################
### code chunk number 59: 02software.Rnw:963-964
###################################################
fut


###################################################
### code chunk number 60: 02software.Rnw:1001-1002 (eval = FALSE)
###################################################
## lm(stack.loss ~ Water.Temp + Air.Flow, data=stackloss)


###################################################
### code chunk number 61: 02software.Rnw:1012-1013 (eval = FALSE)
###################################################
## lm(stack.loss ~ Water.Temp - 1, data=stackloss)


###################################################
### code chunk number 62: 02software.Rnw:1023-1024
###################################################
lm(weight ~ feed - 1, data=chickwts)


###################################################
### code chunk number 63: 02software.Rnw:1156-1159 (eval = FALSE)
###################################################
## library(maptools)
## data(SplashDams)
## SplashDams[1:3,]


###################################################
### code chunk number 64: 02software.Rnw:1528-1530
###################################################
spatstat.options(terse=3)
oldopt <- options(digits=3)


###################################################
### code chunk number 65: 02software.Rnw:1539-1540
###################################################
swedishpines


###################################################
### code chunk number 66: 02software.Rnw:1546-1547
###################################################
swp <- rescale(swedishpines)


###################################################
### code chunk number 67: 02software.Rnw:1550-1551 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(swp)


###################################################
### code chunk number 68: 02software.Rnw:1556-1557
###################################################
DD <- density(swp)


###################################################
### code chunk number 69: 02software.Rnw:1559-1560 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(DD)


###################################################
### code chunk number 70: 02software.Rnw:1566-1567
###################################################
KK <- Kest(swp)


###################################################
### code chunk number 71: 02software.Rnw:1569-1570 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(KK)


###################################################
### code chunk number 72: 02software.Rnw:1577-1579
###################################################
newplot(12, 0.58)
setmargins(1.5,0,0,0)


###################################################
### code chunk number 73: 02software.Rnw:1581-1585
###################################################
swp <- rescale(swedishpines)
plot(solist(swp, density(swp)), equal.scales=TRUE, valign=TRUE,
     main="", main.panel="", mar.panel=0, hsep=1, 
     ribside="bottom")


###################################################
### code chunk number 74: fv.Rnw:3-5
###################################################
newplot(6, 0.5)
setmargins(0.5+c(3,3,1,0))


###################################################
### code chunk number 75: 02software.Rnw:1589-1590
###################################################
setmargins(c(3.5,3.5,0,0))


###################################################
### code chunk number 76: 02software.Rnw:1592-1593
###################################################
plot(Kest(swp), main="", xlim=c(0,1.5), legend=FALSE)


###################################################
### code chunk number 77: 02software.Rnw:1608-1609
###################################################
fitS <- ppm(swp ~ polynom(x,y,2), Strauss(0.9))


###################################################
### code chunk number 78: 02software.Rnw:1615-1616
###################################################
fitS


###################################################
### code chunk number 79: 02software.Rnw:1620-1622
###################################################
fitP <- ppm(swp ~ polynom(x,y,2), Poisson())
anova(fitP, fitS, test="LR")


###################################################
### code chunk number 80: 02software.Rnw:1641-1642
###################################################
class(swedishpines)


###################################################
### code chunk number 81: 02software.Rnw:1658-1660
###################################################
DD <- density(swp)
class(DD)


###################################################
### code chunk number 82: 02software.Rnw:1672-1674
###################################################
KK <- Kest(swp)
class(KK)


###################################################
### code chunk number 83: 02software.Rnw:1680-1682
###################################################
fitS <- ppm(swp ~ polynom(x,y,2), Strauss(0.9))
class(fitS)


###################################################
### code chunk number 84: 02software.Rnw:1694-1696
###################################################
spatstat.options(terse=0)
options(oldopt)


###################################################
### code chunk number 85: 02software.Rnw:1716-1717 (eval = FALSE)
###################################################
## help.search("systematic", package="spatstat")


###################################################
### code chunk number 86: 02software.Rnw:1807-1808
###################################################
zeromargins()


###################################################
### code chunk number 87: 02software.Rnw:1812-1816
###################################################
plot(solist(swedishpines, amacrine, longleaf),
     main="", main.panel="", equal.scales=FALSE, legend=FALSE,
     panel.args=function(i) if(i == 2) list(chars=c(1,16)) else list(),
     mar.panel=0.2, hsep=1)


###################################################
### code chunk number 88: 02software.Rnw:1851-1853
###################################################
zeromargins()
setmargins(0,0.1,0,0.2)


###################################################
### code chunk number 89: 02software.Rnw:1857-1862
###################################################
W <- as.owin(humberside)
plot(solist(as.rectangle(W), W, as.mask(W, dimyx=32)),
     equal.scales=TRUE,
     panel.args=function(i) if(i == 3) list(box=FALSE) else list(),
     main="", main.panel="", mar.panel=0, hsep=1)


###################################################
### code chunk number 90: 02software.Rnw:1873-1874
###################################################
Z <- rotate(Smooth(distmap(copper$Lines)), pi/2)


###################################################
### code chunk number 91: CopperR.Rnw:3-5
###################################################
newplot(12, 0.8)
setmargins(0,0,0,1)


###################################################
### code chunk number 92: 02software.Rnw:1892-1893
###################################################
plot(Z, main="")


###################################################
### code chunk number 93: 02software.Rnw:1916-1918
###################################################
L <- psp(runif(20),runif(20),runif(20),runif(20),window=owin())
D <- dirichlet(runifpoint(42))


###################################################
### code chunk number 94: Unit2.Rnw:3-5
###################################################
newplot(12.5, 0.9)
setmargins(0)


###################################################
### code chunk number 95: 02software.Rnw:1922-1923
###################################################
zeromargins()


###################################################
### code chunk number 96: 02software.Rnw:1927-1930
###################################################
plot(solist(L, D),
     main="", main.panel="", equal.scales=TRUE,
     mar.panel=0.1, hsep=1)