Below is the R code used to generate results and figures in chapter 17.
The code is in a rather raw format extracted from the book manuscript files – please read the instructions for use if you haven’t done so yet.
You can download the script here .
### R code from vignette source '17network.Rnw'
## Copyright (C) Adrian Baddeley, Ege Rubak and Rolf Turner
###################################################
### code chunk number 1: 17network.Rnw:9-14
###################################################
source ( "R/startup.R" )
source ( "R/short.output.R" )
spatstat.options ( terse = 2 )
Digits <- 3
options ( digits = Digits )
###################################################
### code chunk number 2: 17network.Rnw:17-19
###################################################
#requireversion(book, "3.0-1")
requireversion ( spatstat , "1.41-1.033" )
###################################################
### code chunk number 3: ChicagoR.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.75 )
setmargins ( 0 , 0 , 0 , 2 )
###################################################
### code chunk number 4: 17network.Rnw:51-52
###################################################
plot ( chicago , main = "" , col = "grey" , cols = "black" , lwd = 2 , leg.side = "right" )
###################################################
### code chunk number 5: Unitl.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 9 , 0.7 )
setmargins ( 0.1 + c ( 0 , 2 , 0 , 0 ))
###################################################
### code chunk number 6: 17network.Rnw:77-78
###################################################
setmargins ( 0.1 )
###################################################
### code chunk number 7: 17network.Rnw:82-88
###################################################
plot ( grow.rectangle ( Frame ( spiders ), c ( 150 , 0 ), 0 ), type = "n" , main = "" )
plot ( spiders , add = TRUE , pch = 16 )
y0 <- 562.5
plot ( yardstick ( -70 , y0 -100 / 2 , -70 , y0 +100 / 2 , "100 mm" ),
angle = 90 , lwd = 2 , pos = 2 , txt.shift = c ( -30 , 100 ),
txt.args = list ( srt = 90 , cex = 0.85 , adj = c ( 0.5 , 0 )))
###################################################
### code chunk number 8: 17network.Rnw:128-140
###################################################
ys <- yardstick ( -10 , 200-50 / 2 , -10 , 200+50 / 2 , "50 microns" )
Window ( ys ) <- owin ( c ( -20 , 0 ), Frame ( ys ) $ yrange )
dendro <- layered ( dendrite , ys )
layerplotargs ( dendro ) <- list (
list (
leg.side = "right" , cex = 0.6 ,
leg.args = list ( cex = 1 ), lwd = 1
),
list (
angle = 90 , pos = 2 , cex = 0.85 , txt.shift = c ( -8 , 25 ),
txt.args = list ( srt = 90 )
))
###################################################
### code chunk number 9: DendriteLR.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.75 )
setmargins ( 0 , 4 , 0 , 1 )
###################################################
### code chunk number 10: 17network.Rnw:147-148
###################################################
plot ( dendro , main = "" )
###################################################
### code chunk number 11: 17network.Rnw:201-207
###################################################
source ( "R/shortestpath.R" )
L <- domain ( chicago )
v <- vertices ( L )
pathAB <- shortestpath ( L , 94 , 303 )
pathACB <- c ( shortestpath ( L , 94 , 63 ),
shortestpath ( L , 63 , 303 ))
###################################################
### code chunk number 12: Unit.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.7 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 13: 17network.Rnw:214-216
###################################################
plot ( simplenet , main = "" )
points ( vertices ( simplenet ), pch = 16 )
###################################################
### code chunk number 14: Chicago.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.75 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 15: 17network.Rnw:220-224
###################################################
plot ( L , col = "grey" , main = "" )
joinpoints ( v , pathACB , lwd = 3 , lty = 2 , col = if ( monochrome ) "black" else "red" )
joinpoints ( v , pathAB , lwd = 3 , col = if ( monochrome ) "black" else "green" )
points ( v [ c ( 94 , 303 )], pch = 16 )
###################################################
### code chunk number 16: 17network.Rnw:376-380
###################################################
v <- ppp ( x = ( -2 ) : 2 , y = 3 * c ( 0 , 1 , 2 , 1 , 0 ), c ( -3 , 3 ), c ( -1 , 7 ))
edg <- matrix ( c ( 1 , 2 , 3 , 4 , 2 ,
2 , 3 , 4 , 5 , 4 ), ncol = 2 )
letterA <- linnet ( v , edges = edg )
###################################################
### code chunk number 17: dpath
###################################################
btime <- system.time ( b <- as.linnet ( dendrite , sparse = FALSE ))
###################################################
### code chunk number 18: 17network.Rnw:445-446 (eval = FALSE)
###################################################
## b <- as.linnet(dendrite, sparse=FALSE)
###################################################
### code chunk number 19: 17network.Rnw:448-450
###################################################
print ( object.size ( dendrite ), units = "Mb" )
print ( object.size ( b ), units = "Mb" )
###################################################
### code chunk number 20: PromptOff.Rnw:1-2
###################################################
options ( prompt = " " )
###################################################
### code chunk number 21: 17network.Rnw:482-483 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(L); text(vertices(L), labels=vertexdegree(L))
###################################################
### code chunk number 22: PromptOn.Rnw:1-2
###################################################
options ( prompt = "> " )
###################################################
### code chunk number 23: 17network.Rnw:537-538
###################################################
mean ( lengths.psp ( as.psp ( domain ( chicago ))))
###################################################
### code chunk number 24: 17network.Rnw:594-597
###################################################
xx <- list ( x = c ( -1.5 , 0 , 0.5 , 1.5 ), y = c ( 1.5 , 3 , 4.5 , 1.5 ))
X <- lpp ( xx , letterA )
X
###################################################
### code chunk number 25: 17network.Rnw:615-618
###################################################
spiders
spidersm <- rescale ( spiders , 1000 , c ( "metre" , "metres" ))
summary ( spidersm )
###################################################
### code chunk number 26: 17network.Rnw:763-768
###################################################
bricks <- domain ( spiders )
alpha <- angles.psp ( as.psp ( bricks )) * 180 / pi
mortarvert <- ( round ( alpha / 90 ) == 1 )
f <- function ( x , y , seg , tp ) { mortarvert [ seg ] }
vertical <- linfun ( f , bricks )
###################################################
### code chunk number 27: 17network.Rnw:779-782
###################################################
vertical ( spiders [ 5 : 8 ])
which ( vertical ( spiders ))
table ( vertical ( spiders ))
###################################################
### code chunk number 28: 17network.Rnw:815-819
###################################################
dna <- distfun ( split ( chicago ) $ assault )
Dna <- as.linim ( dna )
a <- sqrt ( Dna ) + 3
b <- eval.linim ( pmin ( Dna , 250 ))
###################################################
### code chunk number 29: 17network.Rnw:838-840 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(dna, style="colour", ribside="left", box=FALSE)
## plot(dna, style="width", adjust=2.5)
###################################################
### code chunk number 30: ChicagoL.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.75 )
setmargins ( 0 , 1 , 0 , 0 )
###################################################
### code chunk number 31: 17network.Rnw:847-848
###################################################
plot ( dna , style = "colour" , ribside = "left" , main = "" , box = FALSE )
###################################################
### code chunk number 32: Chicago.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.75 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 33: 17network.Rnw:852-853
###################################################
plot ( dna , style = "width" , main = "" , adjust = 2.5 )
###################################################
### code chunk number 34: 17network.Rnw:917-919
###################################################
spidersm <- rescale ( spiders , 1000 , c ( "metre" , "metres" ))
intensity ( spidersm )
###################################################
### code chunk number 35: 17network.Rnw:925-926
###################################################
summary ( spidersm )
###################################################
### code chunk number 36: 17network.Rnw:929-930
###################################################
intensity ( as.ppp ( spidersm ))
###################################################
### code chunk number 37: 17network.Rnw:1002-1009
###################################################
L <- simplenet
L <- L [ boundingbox ( vertices ( L ))]
XX <- as.lpp ( 0.41259 , 0.6024 , L = L )
D1 <- density ( XX , 0.1 )
D2 <- density ( XX , 0.2 )
D3 <- density ( XX , 0.3 )
KernelDemo <- solist ( XX , D1 , D2 , D3 )
###################################################
### code chunk number 38: Unit4.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 25 , 1 )
zeromargins ()
###################################################
### code chunk number 39: 17network.Rnw:1014-1017
###################################################
plot ( KernelDemo , main = "" , main.panel = "" , nrows = 1 ,
mar.panel = 0 , hsep = 0.5 ,
panel.args = function ( i ) if ( i == 1 ) list ( pch = 16 ) else list ( style = "w" , adjust = 5 / i ))
###################################################
### code chunk number 40: LongDensityCalculation
###################################################
d60 <- density ( unmark ( chicago ), 60 )
###################################################
### code chunk number 41: 17network.Rnw:1051-1052
###################################################
spatstat.options ( image.colfun = lighttodark )
###################################################
### code chunk number 42: Chicago.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.75 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 43: 17network.Rnw:1058-1059
###################################################
plot ( d60 , style = "width" , adjust = 2 , main = "" )
###################################################
### code chunk number 44: ChicagoR.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.75 )
setmargins ( 0 , 0 , 0 , 2 )
###################################################
### code chunk number 45: 17network.Rnw:1063-1064
###################################################
plot ( d60 * 5280 , style = "colour" , main = "" , box = FALSE )
###################################################
### code chunk number 46: 17network.Rnw:1076-1078
###################################################
load ( "data/dendriteLam10.rda" )
dlr <- round ( range ( dendriteLam10 ), 2 )
###################################################
### code chunk number 47: Dendrite.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.6 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 48: 17network.Rnw:1083-1084
###################################################
plot ( dendriteLam10 , style = "width" , main = "" )
###################################################
### code chunk number 49: 17network.Rnw:1103-1104
###################################################
rhoChicY <- rhohat ( unmark ( chicago ), "y" )
###################################################
### code chunk number 50: 17network.Rnw:1126-1128
###################################################
along <- linfun ( function ( x , y , seg , tp ) { tp }, domain ( spiders ))
rhoalong <- rhohat ( spiders , along )
###################################################
### code chunk number 51: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 12 , 0.95 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 0 , 1 ))
###################################################
### code chunk number 52: 17network.Rnw:1138-1141
###################################################
plot ( anylist ( rhoChicY , rhoalong ),
main = "" , main.panel = "" , nrows = 1 ,
legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 53: 17network.Rnw:1158-1160
###################################################
berman.test ( unmark ( chicago ), "y" )
cdf.test ( spiders , along )
###################################################
### code chunk number 54: 17network.Rnw:1170-1174
###################################################
mortlen <- lengths.psp ( as.psp ( bricks ))
( totlen <- tapply ( mortlen , mortarvert , sum ) / 1000 )
( totpts <- table ( vertical ( spiders )))
totpts / totlen
###################################################
### code chunk number 55: 17network.Rnw:1231-1232
###################################################
intensity ( chicago )
###################################################
### code chunk number 56: 17network.Rnw:1236-1238
###################################################
chicagomiles <- rescale ( chicago , 5280 , c ( "mile" , "miles" ))
summary ( chicagomiles )
###################################################
### code chunk number 57: 17network.Rnw:1257-1258 (eval = FALSE)
###################################################
## DSD <- density(split(dendrite), sigma=10)
###################################################
### code chunk number 58: 17network.Rnw:1260-1261
###################################################
load ( "data/dendriteSplitLam10.rda" )
###################################################
### code chunk number 59: Dendrite3.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 15 , 1 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 60: 17network.Rnw:1268-1271
###################################################
plot ( DSD , main = "" , main.panel = "" , nrows = 1 ,
plotcommand = plot.linim , box = FALSE ,
mar.panel = 0 , hsep = 0 , style = "w" , equal.scales = TRUE )
###################################################
### code chunk number 61: 17network.Rnw:1282-1283
###################################################
spatstat.options ( print.ppm.SE = "never" )
###################################################
### code chunk number 62: 17network.Rnw:1321-1323 (eval = FALSE)
###################################################
## XS <- rpoislpp(intensity(spiders), domain(spiders))
## XC <- rpoislpp(d60)
###################################################
### code chunk number 63: PromptOff.Rnw:1-2
###################################################
options ( prompt = " " )
###################################################
### code chunk number 64: 17network.Rnw:1349-1351 (eval = FALSE)
###################################################
## lppm(X ~ trend, ...)
## lppm(X ~ trend, ..., data)
###################################################
### code chunk number 65: PromptOn.Rnw:1-2
###################################################
options ( prompt = "> " )
###################################################
### code chunk number 66: 17network.Rnw:1371-1372
###################################################
lppm ( spiders ~ polynom ( x , y , 2 ))
###################################################
### code chunk number 67: 17network.Rnw:1393-1394 (eval = FALSE)
###################################################
## fitca <- lppm(chicago ~ marks + polynom(x,y,2))
###################################################
### code chunk number 68: 17network.Rnw:1400-1401 (eval = FALSE)
###################################################
## fitcx <- lppm(chicago ~ marks * polynom(x,y,2))
###################################################
### code chunk number 69: fitmodel
###################################################
fit <- lppm ( unmark ( chicago ) ~ polynom ( x , y , 2 ))
lam <- predict ( fit , dimyx = 512 )
###################################################
### code chunk number 70: fillim
###################################################
fillwin <- Window ( chicago )
fillmask <- as.mask ( fillwin )
lamfill <- predict ( fit , locations = fillmask )
###################################################
### code chunk number 71: 17network.Rnw:1477-1478
###################################################
spatstat.options ( image.colfun = lighttodark )
###################################################
### code chunk number 72: Chicago.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.75 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 73: 17network.Rnw:1484-1485
###################################################
plot ( lam , style = "width" , adjust = 1.5 , main = "" )
###################################################
### code chunk number 74: 17network.Rnw:1487-1490
###################################################
plot ( fillwin , type = "n" , main = "" )
contour ( lamfill * 1000 , lwd = 2 , add = TRUE , labcex = 1 )
# plot(lam * 5280, style="colour", main="", box=FALSE)
###################################################
### code chunk number 75: spiders0
###################################################
fit0 <- lppm ( spiders ~ polynom ( x , y , 2 ) + vertical )
###################################################
### code chunk number 76: spiders1
###################################################
fit1 <- update ( fit0 , . ~ . + polynom ( along , 2 ))
###################################################
### code chunk number 77: 17network.Rnw:1523-1524 (eval = FALSE)
###################################################
## anova(fit0, fit1, test="LR")
###################################################
### code chunk number 78: 17network.Rnw:1526-1527
###################################################
short.output ( anova ( fit0 , fit1 , test = "LR" ), maxwidth = 80 )
###################################################
### code chunk number 79: 17network.Rnw:1537-1539
###################################################
chicagoG <- mergeLevels ( chicago ,
person = c ( "assault" , "robbery" ), property = NULL )
###################################################
### code chunk number 80: 17network.Rnw:1544-1545
###################################################
chicagoG
###################################################
### code chunk number 81: 17network.Rnw:1548-1550
###################################################
fitGcx <- lppm ( chicagoG ~ marks * polynom ( x , y , 2 ))
fitGca <- lppm ( chicagoG ~ marks + polynom ( x , y , 2 ))
###################################################
### code chunk number 82: 17network.Rnw:1552-1553
###################################################
anova ( fitGca , fitGcx , test = "LR" )
###################################################
### code chunk number 83: 17network.Rnw:1615-1617
###################################################
dend <- as.lpp ( unmark ( dendrite ), sparse = FALSE )
L <- domain ( dend )
###################################################
### code chunk number 84: 17network.Rnw:1624-1626
###################################################
v1 <- lpp ( vertices ( L )[ 1 ], L )
d <- distfun ( v1 )
###################################################
### code chunk number 85: 17network.Rnw:1635-1636
###################################################
load ( "data/simpletree.rda" )
###################################################
### code chunk number 86: Unit.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.7 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 87: 17network.Rnw:1642-1645
###################################################
plot ( simpletree , main = "" )
plot ( vertices ( simpletree )[ 1 ], add = TRUE , pch = 16 )
text ( midloc , labels = midlabels , font = 2 )
###################################################
### code chunk number 88: 17network.Rnw:1653-1655
###################################################
tb <- treebranchlabels ( L , root = 1 )
b <- branchlabelfun ( L , root = 1 )
###################################################
### code chunk number 89: 17network.Rnw:1660-1661 (eval = FALSE)
###################################################
## lppm(dend ~ (substr(b,1,1) == "a"))
###################################################
### code chunk number 90: 17network.Rnw:1668-1669
###################################################
g <- function ( x , n ) factor ( substr ( x , 1 , n ))
###################################################
### code chunk number 91: 17network.Rnw:1674-1675
###################################################
step ( lppm ( dend ~ d * g ( b , 1 )), trace = 0 )
###################################################
### code chunk number 92: 17network.Rnw:1683-1684
###################################################
step ( lppm ( dend ~ d * g ( b , 2 )), trace = 0 )
###################################################
### code chunk number 93: 17network.Rnw:1694-1695
###################################################
lppm ( dend ~ d * begins ( b , "ac" ))
###################################################
### code chunk number 94: 17network.Rnw:1702-1703 (eval = FALSE)
###################################################
## dendAC <- extractbranch(dend, code="ac", labels=tb)
###################################################
### code chunk number 95: 17network.Rnw:1725-1759
###################################################
S <- as.psp ( simplenet )
iu <- 3
iv <- 10
tu <- 0.3
tv <- 0.2
dt <- 0.1 / 2
Su <- S $ ends [ iu ,, drop = FALSE ]
Sv <- S $ ends [ iv ,, drop = FALSE ]
W <- as.owin ( simplenet )
u <- with ( Su , list ( x = x0 + tu * ( x1 - x0 ),
y = y0 + tu * ( y1 - y0 )))
v <- with ( Sv , list ( x = x0 + tv * ( x1 - x0 ),
y = y0 + tv * ( y1 - y0 )))
du <- with ( Su , psp ( x0 + ( tu - dt ) * ( x1 - x0 ),
y0 + ( tu - dt ) * ( y1 - y0 ),
x0 + ( tu + dt ) * ( x1 - x0 ),
y0 + ( tu + dt ) * ( y1 - y0 ),
window = W ))
dv <- with ( Sv , psp ( x0 + ( tv - dt ) * ( x1 - x0 ),
y0 + ( tv - dt ) * ( y1 - y0 ),
x0 + ( tv + dt ) * ( x1 - x0 ),
y0 + ( tv + dt ) * ( y1 - y0 ),
window = W ))
dutext <- textstring ( u $ x , u $ y , "du" )
dvtext <- textstring ( v $ x , v $ y , "dv" )
alpha <- angles.psp ( S ) * 180 / pi
au <- alpha [ iu ]
av <- alpha [ iv ]
CorrPic <- layered ( simplenet , du , dv , dutext , dvtext ,
plotargs = list (
list ( col = grey ( 0.35 ), window = FALSE ),
list ( lwd = 3 ), list ( lwd = 3 ),
list ( srt = au , pos = 3 ),
list ( srt = av , pos = 3 )))
###################################################
### code chunk number 96: Unit.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.7 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 97: 17network.Rnw:1766-1767
###################################################
plot ( CorrPic , main = "" )
###################################################
### code chunk number 98: lineardisc
###################################################
L <- domain ( chicago )
#xy <- list(x=487,y=670)
xy <- list ( x = 544 , y = 583 )
dd <- lineardisc ( L , x = xy , r = 400 , plot = FALSE )
###################################################
### code chunk number 99: Chicago.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 5 , 0.75 )
setmargins ( 0 )
###################################################
### code chunk number 100: 17network.Rnw:1887-1891
###################################################
plot ( L , main = "" , col = grey ( 0.35 ))
points ( xy , pch = 16 , cex = 1.5 )
plot ( dd $ lines , add = TRUE , lwd = 3 )
plot ( dd $ endpoints , add = TRUE , pch = 1 )
###################################################
### code chunk number 101: 17network.Rnw:1954-1955
###################################################
attr ( linearpcf ( spiders ), "bw" )
###################################################
### code chunk number 102: 17network.Rnw:1970-1971 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(envelope(spiders, linearpcf, nsim=199, nrank=5))
###################################################
### code chunk number 103: 17network.Rnw:1978-1981
###################################################
set.seed ( 1678982 )
spidpcf <- anylist ( linearpcf ( spiders ),
envelope ( spiders , linearpcf , nsim = 199 , nrank = 5 ))
###################################################
### code chunk number 104: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 12 , 0.95 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 0 , 1 ))
###################################################
### code chunk number 105: 17network.Rnw:1986-1987
###################################################
plot ( spidpcf , main = "" , main.panel = "" , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 106: 17network.Rnw:2033-2034
###################################################
set.seed ( 19191978 )
###################################################
### code chunk number 107: 17network.Rnw:2036-2040
###################################################
fit <- lppm ( spiders ~ polynom ( x , y , 2 ))
ghat <- linearpcfinhom ( spiders , fit )
genv <- envelope ( spiders , linearpcfinhom , lambda = fit ,
nsim = 199 , nrank = 5 )
###################################################
### code chunk number 108: 17network.Rnw:2046-2047
###################################################
sig <- round ( attr ( ghat , "bw" ))
###################################################
### code chunk number 109: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 12 , 0.95 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 0 , 1 ))
###################################################
### code chunk number 110: 17network.Rnw:2052-2053
###################################################
plot ( anylist ( ghat , genv ), main = "" , main.panel = "" , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 111: 17network.Rnw:2095-2097 (eval = FALSE)
###################################################
## X <- rpoislpp(0.004, domain(chicago))
## envKestCSR <- envelope(as.ppp(X), Kest, nsim=39)
###################################################
### code chunk number 112: 17network.Rnw:2108-2111 (eval = FALSE)
###################################################
## L <- domain(chicago)
## envKestL <- envelope(as.ppp(X), Kest, nsim=39,
## simulate=expression(as.ppp(rpoislpp(0.004, L))))
###################################################
### code chunk number 113: 17network.Rnw:2118-2124
###################################################
set.seed ( 101010 )
L <- domain ( chicago )
X <- rpoislpp ( 0.004 , L )
EKX22 <- envelope ( as.ppp ( X ), Kest , nsim = 39 )
EKX21 <- envelope ( as.ppp ( X ), Kest , nsim = 39 ,
simulate = expression ( as.ppp ( rpoislpp ( 0.004 , L ))))
###################################################
### code chunk number 114: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 12 , 0.95 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 0 , 1 ))
###################################################
### code chunk number 115: 17network.Rnw:2130-2132
###################################################
plot ( anylist ( EKX22 , EKX21 ),
main = "" , main.panel = "" , nrows = 1 , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 116: 17network.Rnw:2153-2157
###################################################
L <- domain ( chicago )
HL <- distcdf ( as.owin ( L ), dW = pixellate ( L ))
A <- area ( as.owin ( L ))
K0 <- eval.fv ( A * HL )
###################################################
### code chunk number 117: 17network.Rnw:2239-2240 (eval = FALSE)
###################################################
## KN <- linearK(spiders, correction="none")
###################################################
### code chunk number 118: 17network.Rnw:2245-2247
###################################################
set.seed ( 1010101 )
EKspOY <- envelope ( spiders , linearK , correction = "none" , nsim = 39 )
###################################################
### code chunk number 119: 17network.Rnw:2254-2255 (eval = FALSE)
###################################################
## envelope(spiders, linearK, correction="none", nsim=39)
###################################################
### code chunk number 120: fv.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.5 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 1 , 0 ))
###################################################
### code chunk number 121: 17network.Rnw:2267-2268
###################################################
plot ( EKspOY , main = "" , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 122: 17network.Rnw:2407-2408
###################################################
set.seed ( 1091679 )
###################################################
### code chunk number 123: 17network.Rnw:2410-2412
###################################################
kls <- linearK ( spiders )
ekls <- envelope ( spiders , linearK , nsim = 39 )
###################################################
### code chunk number 124: fv.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 6 , 0.5 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 1 , 0 ))
###################################################
### code chunk number 125: 17network.Rnw:2429-2430
###################################################
plot ( ekls , main = "" , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 126: 17network.Rnw:2524-2525
###################################################
( fithv <- lppm ( spiders ~ vertical ))
###################################################
### code chunk number 127: 17network.Rnw:2528-2530
###################################################
Khv <- linearKinhom ( spiders , fithv )
Khv <- linearKinhom ( spiders , predict ( fithv )) # equivalent
###################################################
### code chunk number 128: 17network.Rnw:2540-2541
###################################################
set.seed ( 18098167 )
###################################################
### code chunk number 129: inhomKenv
###################################################
fitv <- lppm ( spiders ~ polynom ( x , y , 2 ) + vertical )
KiS <- linearKinhom ( spiders , fitv )
EKiS <- envelope ( spiders , linearKinhom , lambda = fit , nsim = 39 )
EKiSwrong <- envelope ( spiders , linearKinhom , lambda = fit ,
nsim = 39 , update = FALSE )
###################################################
### code chunk number 130: fv2.Rnw:3-5
###################################################
newplot ( 12 , 0.95 )
setmargins ( 0.5 + c ( 3 , 3 , 0 , 1 ))
###################################################
### code chunk number 131: 17network.Rnw:2558-2559
###################################################
plot ( anylist ( EKiS , EKiSwrong ), main = "" , main.panel = "" , legend = FALSE )
###################################################
### code chunk number 132: 17network.Rnw:2644-2645 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(alltypes(dendrite, linearKcross))